Um Signalwegdaten aus dem Plant Reactome zu importieren und zu integrieren, haben Die PubChem-Entwickler zunächst Pfade im BioPAX3-Datenbeschreibungsformat (plantreactome.gramene.org/download/current/biopax3.zip) und den zugehörigen SVG-Format-Signalbildern (plantreactome.gramene.org/download/current/diagrams.svg.tgz) aus dem Plant Reactome heruntergeladen. Anschließend wurde ein BioPAX3-Parser auf Basis der Raptor2 C-Bibliothek (librdf.org) entwickelt, um kleine Moleküle, Proteine und Gene sowie Reaktionen aus jedem Signalweg zu identifizieren. Für kleine Moleküle verwendeten sie ChEBI-Querverweise auf PubChem-Verbindungen und Proteine/Gene wurden über UniProt-Querverweise NCBI-Protein-/Gen-Identifikatoren zugeordnet. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass die Überexpression von AdEXLB8 die RKN M. arenaria-Infektion in Erdnuss verringert, wie unsere vorherige Transkriptom-Analyse bei wilden Arachis-Arten nahelegt [9]. Die Überexpression von AdEXLB8- und eGFP-Transgenen wurde auf pPZP-AdEXLB8 transgene Haarwurzeln durch qRT-PCR (Abb. 2h) mit Primerwirkungsgraden von 0,86 x 0,01 bzw. 0,91 x 0,02 bestätigt. Das transgene eGFP zeigte aufgrund der Verwendung des stärkeren doppelten 35S-Promotors eine höhere Expression als AdEXLB8, das vom Actin2-Promoter von A. thaliana angetrieben wurde [17].

Die AdEXLB8 Transgenexpressionswerte in pPZP-AdEXLB8 behaarten Wurzeln sind 2,4-mal höher als die des endogenen Erdnuss-AhrunnerEXLB8-Gens in den nicht transformierten (wildtypisierten) Erdnusswurzeln und in den eGFP-positiven haarigen Wurzeln, die mit dem leeren Vektor transformiert wurden (Abb. 2h). Um die aktuellen Ergebnisse weiter zu unterstützen, führte die Überexpression von AdEXLB8 in sojabohnen (Glycine max) mit M. javanica infizierten Verbundwerkstoffen auch zur Verringerung der Gallenzahl im anfälligen Genotyp [27]. Allerdings müssen die biologischen Mechanismen, mit denen die Überexpression dieses zellwandlösenden und nicht enzymatmatischen Proteins zur RKN-Resistenz bei Erdnuss und Sojabe beiträgt, weiterverfolgt werden. Wir fanden auch heraus, dass die MEP-Signalweggene mit plastidlokalisierten Proteasen interagieren: CMK interagiert mit AT5G64580; DXR interagiert mit AT1G05140, AT4G18370 und AT2G32480; HDS interagiert mit AT3G18490 und AT4G25370; und HDR interagiert mit AT1G19740, AT2G32480 und AT1G05140. Darüber hinaus erfasst unsere Interactome-Overlay-Analyse die Wechselwirkungen von MCT mit clp Protease-Untereinheiten ClpC1 (AT5G50920), ClpC2 (AT3G48870) und ClpD (AT5G51070) sowie zwei pflanzenspezifischen Zubehörproteinen ClpT1 (AT4G12060) und ClpT2 (AT4G25370). Der Clp-Protease-Komplex besteht aus einem katalytisch aktiven proteolytischen Kern, der aus ClpP1, ClpP3-P6 und inaktiven ClpR1-R4-Untereinheiten gebildet wird, und wird durch zwei weitere Untereinheiten ClpT1-T2 (33) stabilisiert. Die Untereinheiten ClpC1, ClpC2 und ClpD dienen als sich entfaltende Chaperons, und ClpS1 bildet einen Adapterkomplex mit ClpF-Untereinheit (33–35). Der ClpC-vermittelte proteolytische Abbau von Deoxyxylulose 5-Phosphat-Synthase (DXS), dem ersten Enzym des MEP-Signalwegs, wurde von Pulido et al.

(36) gezeigt. Frühere Studien deuten auf eine Regulierung des MEP-Pfads auf post-transkriptionellem, translationalen oder posttranslationalen Niveau (37,38) hin, einschließlich des Abbaus von MEP-Signalen, die durch Clp-Proteasen vermittelt werden (39). Collier R, Fuchs B, Walter N, Lutke WK, Taylor CG. Ex-vitro-Verbundpflanzen: eine kostengünstige, schnelle Methode für die Wurzelbiologie. Anlage J. 2005;43:449–57. Als offene Wissensdatenbank und Ressource für Pflanzenwege bietet das Plant Reactome eine grundlegende Ressource und eine Umgebung zum Lernen und Entdecken, die Pflanzenforschern, Pädagogen und der breiten Öffentlichkeit zugänglich ist.